在参拜母亲坟墓的回程途中真嗣绪方惠美配音和葛城美里三石琴乃配音遭遇了第七使徒的攻击关键时刻2号机势如破竹挫败对手真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波明日香兰格蕾宫村优子配音与沉默寡言的绫波丽林原惠美配音不同明日香自信张扬甚至有些自大在和真嗣相处的日子里彼此闹出不少的笑话他们三人分别驾驶着零号机初号机和2号机抵抗了第八使徒猛烈的攻击在这一过程中淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生不久后第九十使徒相继降临真嗣他们面临着生与死的残酷考验……