京都的舞鹤港口日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动柯南小兰毛利小五郎和少年侦探团等人当选与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海突然巨大的爆炸声响起紧张不安的气氛在舰内蔓延宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹不久海面上漂浮着自卫队员的遗体而凶手到底会是谁