影片讲述的是一群疯狂的科学家为了自己的梦想研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦但当超梦醒来后却因无法找寻到真正的自我而暴走火箭队的老大出现在超梦的面前用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事但没过多少时间超梦再次对自我感到迷茫超梦回到复制自己的岛屿决定开始它的复仇之战与此同时小智和皮卡丘等一行人接收到了一封神秘人的邀请函邀请参加世界最强的宝可梦训练家宴会等他们穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛时没想到在大家面前出现的竟然是超梦