大侦探皮卡丘的背景设定为人类与精灵宝可梦和平共处的一个世界私家侦探HarryGoodman突然失踪其子Tim试图找到失踪的线索Tim意外发现自己可以和皮卡丘进行沟通并搭档大侦探皮卡丘一同调查父亲失踪之谜最终发现一个足以毁掉整个精灵宝可梦宇宙的惊天阴谋