动物基因组学帝王计划研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉她从幼体中孵出在一群雇佣兵袭击这个机构时魔斯拉逃了出去然后她在一个瀑布包了茧随后破茧而出完成了全形态生长在2014年哥斯拉被整个世界看到后帝王组织在水下建了一个基地在这个位于水下好几英里的水中基地中他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物那是他们真正的研究核心长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万甚至好几万年的历史它要把这个星球重新夺回它自己的手下为了大自然的生态平衡哥斯拉苏醒了它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物后来哥斯拉和魔斯拉拉顿以及它的强敌基多拉相遇此前一直被认为只存在于神话当中的古老的超级怪兽一一登场他们将为争夺怪兽之王而战人类的生存也受到严重威胁……