公元2035年人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭大部分人类都在这场病毒灾难中死亡只有少数人侥幸逃生但也只能在阴暗的地下苟且偷生科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历囚徒詹姆斯科尔被挑选为志愿者阴差阳错科尔回到了1990年当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳雪莉诊断为精神分裂症科尔在病友杰弗里戈因斯帮助下逃脱回到了未来因为没查清12只猴子军的来历科尔再次被派回了1996年科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城他找到了医生凯瑟琳二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅