四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中在师父的训练下他们成为了功夫高超的忍者神龟渴望被人类接纳的四小只在人类朋友艾普的帮助下开始追踪一个神秘的犯罪集团但随着一支强大变种生物军队的降临同样属于变种生物的忍者神龟们知道这下大麻烦来了……