1930年代以欧洲为中心突然出现的人类之敌涅洛伊能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的只有被称作魔女的拥有特殊魔法力的少女们而已……1944年9月在以第501统合战斗航空团StrikeWitches为中心的联合军活跃之下高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭欧洲西部的安全得到了确保以此为机联合军开始正式计划对欧洲中央—东部方面的反抗作战在欧拉西亚帝国彼得堡构筑了基地的第502统合战斗航空团BraveWitches也被下达了出击的命令背负人类的希望充满勇气的魔女们在东欧的寒空中巡航